Vypracování studie „Zlepšení stavu ekosystémů stojatých vod trpících nadměrným květem sinic v Libereckém kraji“ zadalo Ministerstvo životního prostředí ČR, a to jako důsledek stále se zhoršující situace v přírodních koupalištích Libereckého kraje. Na základě údajů poskytnutých Krajskou hygienickou stanicí v Liberci bylo vybráno pět lokalit, na kterých byl v posledních třech letech výskyt vodního květu v takové míře, že došlo k zákazu koupání. Mezi nimi byla i přehradní nádrž Mšeno.

Situace se zhoršuje v celé České republice: Počet nádrží, kde dochází k masovému výskytu sinic, se rok od roku stále zvyšuje. V šedesátých letech to bylo 66 % nádrží na území celé ČR, v roce 1999 pak již 80 %. V současné době podle výzkumů Národního centra pro sinice a toxiny poškozují tyto bakterie vodu v 83 % nádrží.

Přehradní nádrž Mšeno

Rozloha: 34,8 ha

Přehradní nádrž Mšeno byla uvedena do provozu v roce 1908. Leží na Mšenském potoce a je využívána k omezení povodňových průtoků i na Lužické a zejména Bílé Nise, ze kterých je voda přiváděna podzemními štolami. Hladina zásobního prostoru leží v nadmořské výšce 510 m n.m., objem zásobního prostoru je 1,973 mil. m³ a jeho plocha 34,8 ha. Průměrná hloubka pro hladinu zásobního prostoru je 5,7 m a maximální hloubka u hráze je 15 m. Nádrž je složena ze tří částí oddělených hrázemi. Do malé horní nádrže ústí Mšenský potok a štola z Bílé Nisy, do hlavní dolní nádrže je zaústěna štola z Lužické Nisy a do prostřední části ústí bezejmenný potok pramenící nad Jindřichovem a ve své dolní části protékající objektem pstružích sádek.

Vlastní povodí nádrže (Mšenský a bezejmenný potok) je lesnaté bez významného osídlení. Oba toky, ze kterých je do nádrže voda převáděna štolami, však přitékají z osídlených oblastí. Bílá Nisa sbírá vodu z povodí rozsáhlé rekreační oblasti s rozptýlenými rekreačními objekty (Janov a Bedřichov), které nejsou dokonale odkanalizovány a odpadní vody nejsou svedeny do čističky odpadních vod. V minulosti byly do nádrže vypouštěny odpadní vody z osídlení na jejích okrajích. Ta jsou však v současnosti již odkanalizovány a odpadní voda je svedena mimo nádrž.

Vedle omezení povodňových průtoků a dalších vodohospodářských funkcí nádrž slouží také ke koupání, vodním sportům a k rekreačnímu rybolovu. Před rokem 2000 byla přehrada Mšeno známá vysokou průhledností vody a sinice se v ní nevyskytovaly. Proto již nízké koncentrace v letech 2001 - 2002 vyvolaly velkou pozornost. Ačkoliv zatím nedosáhly extrémně vysokých hodnot, byly však zjištěny mimořádně vysoké koncentrace cyanotoxinů.