Po svém vybudování měla přehrada až do poloviny 20. století obsádku lososovitých ryb. V druhé polovině minulého století v důsledku acidifikace (okyselení) povodí byla zřejmě nádrž nějakou dobu bez obsádky. Po odeznění kyselosti vody byla osazena kaprovitými rybami. V letech 1999 - 2000 byla nádrž vypuštěna kvůli omezení průsaku pod hrází a budování injekční štoly. Po napuštění byla opět osazována rybí obsádkou. V letech 2004 - 2006 dosahoval celkový výlov na udici v přepočtu 200 - 300 kg/ha vodní plochy. To jsou poměrně vysoká čísla, která však nesvědčí o produktivitě nádrže. Výlov je velmi závislý na vysazeném množství ryb a přírůstek je podstatně menší. Ve vykazovaném období se pohyboval mezi 24 - 65 kg/ha, z toho přírůstek kapra 17 - 47 kg/ha. Mezi vysazovanými rybami počtem i váhou obsádky dominoval kapr (ve váze výlovu přes 90 %), který se vysazuje v průměrné kusové hmotnosti 1 - 1,2 kg a loví se 1,5 - 1,7 kg , dosahuje tedy jen asi třetinu obvyklého kusového přírůstku. Vedle kapra se ještě pravidelně vysazuje a loví lín, štika, candát a úhoř. Z nevysazovaných druhů je významnější jen lov cejna (3 - 4 kg/ha), okouna (cca 1 kg/ha) a menší ryby bez rozlišení do druhů (1,5-3 kg/ha, průměrná kusová hmotnost 0,1 kg).

Podstatné je, že bentofágní druhy ryb (např. kapr obecný, živící se potravu přítomnou v sedimentech - některá klidová stádia řas a sinic - přičemž víří sedimenty dna a nepřímo způsobují zákal vody, který se projeví horší prostupností fotosynteticky aktivního světla do vody), představují skoro 95 % výlovu a jen o málo menší podíl celkové hmotnosti rybí obsádky. Při průměrné hloubce nádrže Mšeno necelých 6 m je tak většina dna nádrže pro tyto ryby dostupná. Při hledání potravy na dně mohou ze sedimentů uvolňovat značné množství minerálních živin, a tím podporovat rozvoj fytoplanktonu.

Povodí Labe sleduje jabloneckou přehradu s měsíčním proměřením hloubkového profilu sondou. V roce 2005 bylo sledování detailnější. Část dat je v grafickém provedení k dispozici i na internetu. Surová data, která by umožnila nezávislou analýzu, se zpracovatelům krajinotvorné studie však nepodařilo dostat, proto zde vedle vlastních analýz a podkladů z KHES Liberec a MO ČRS Liberec využívali jen údaje z veřejně dostupných zdrojů a informace získané ústně od pracovníků Povodí Labe (závodu Jablonec nad Nisou i podnikové laboratoře). Pro zhodnocení potřebných opatření ke zlepšení kvality vody v nádrži to stačí. Pokud bude navržen projekt nápravných opatření, považujeme za nezbytné, aby se na jeho přípravě Povodí Labe přímo podílelo.

Další informace

• Jakost vody v nádržích
  http://www.pla.cz/portal/jvn/cz/